Fatih Sultan Mehmed, İstanbul'un Fethi ile birlikte İstanbul'un yeniden inşaa süreci için çalışmalara başlar. Batı kültürü hakkında da olan engin bilgi birikimiyle Fatih Sultan Mehmed, İstanbul'un dokusuna zarar vermeden yeniden düzenler.

Fatih Sultan Mehmed, ayrıca İstanbul'da Rum Ortodoks Patrikhanesi, Ermeni Patrikhanesi ve Yahudi hahambaşı bulunmasına izin verir. Şehirdeki hahambaşı, psikoposluk ve patriklik makamlarını atar. II. Mehmed Theodosius Forumu'nun olduğu yerde ilk sarayının inşasını başlatır. Daha sonraki yıllarda ise Sarayburnu'nda kendisinden sonraki ünlü padişahlara ev sahipliği yapacak şekilde Topkapı Sarayı'nı inşa ettirir.

İmparatorlukta en başta gelen vazîfelerden biri olarak İstanbul'un yeniden inşâsını ve tezyînini göz önüne alındığını ve bütün hükümdarlığı süresince Fâtih'in yegâne zihnî meşgûliyeti, İstan-bul'u, imparatorluğunun hakîkî bir devlet merkezi yapmak olduğunu belirten Halil İnalcık'ın "Fâtih Sultan Mehmed Tarafından İstanbul'un Yeniden İnşâsı" adlı makalesinde fetih sonrasında gelişmelerden bazılarına şöyle yer verilmiştir:

"Fetihten önce İstanbul ancak ölü bir şehirdi. Fâtih Mehmed onu, tekrar siyâsî ve iktisâdî bir imparatorluk merkezi yapmak için büyük bir enerjiyle çalıştı; bunun netîcesinde, şehrin yeniden inşâsında olduğu kadar hızla iskân edilmesinde de hayli mesâfe kat'etti... Çağdaş târihçiler (meselâ Clavijo), İstanbul'un Osmanlı Türkleri tarafından fethinden Önceki Ayasofya'nın harâbe hâline işâret ederler. Fâtih'in en başta gelen işi, ünlü mâbedi restore ettirmek olmuştu. Fâtih, Ayasofya'nın bakımı ve burada çalışanların aylıkları için geniş vakıflar tesis et-miştir...Fâtih'in izinden giden diğer vezirler ve ileri gelen şahıslar, şehrin her bölgesinde vakıflar yoluyla çeşitli müesseseler meydâna getirmişlerdir; netîce olarak bu müesseseler, şehrin hızla büyümesine ve yeniden nüfuslanmasına yardımcı olan yeni mahalleleri geliştirmişlerdir. Mahmud Paşa Vakfında olduğu gibi, bu müesseseler umûmî olarak bir câmi, bir medrese ve bir imâreti ihtivâ ediyor, bunlara kervansaraylar ve dükkânlar ilâve olunuyordu. Mahmud Paşa Çarşısı, 260 dükkânı müştemil olarak bütün şehrin en canlı ticâret merkezlerinden birine dönüşmüştü. Mahmud Paşa Külliyesi 1462'de tamamlandı.

Böylece İstanbul, Fâtih'in hayâtında saraylar, hanlar, kervansaraylar, çarşılar, pazarlar, hamamlar ve medreselerle kaplanarak mâmur görünüşlü faal bir Türk şehri hâline geldi."